经济管理学院源于1958年开办的农业经济管理干部班，1980年成立农业经济系，1995年与黑龙江省农业管理干部学院农业经济系合并，成立经济贸易学院，2004年更名为经济管理学院。

学院现有教师107人，其中教授25人，副教授40人，拥有“万人计划”哲学社会科学领军人才、国家“四个一批”人才、农业部专家咨询委员会委员、教育部专业教学指导委员会委员、国务院政府津贴专家、全国优秀教师、黑龙江省优秀中青年专家、黑龙江省宣传文化系统“六个一批”理论人才、省级教学名师、黑龙江省新世纪人才、国家级学会副理事长等。

学院拥有农林经济管理省重点一级学科博士学位授予权。设有农业经济管理、林业经济管理、农村区域发展、农村金融等4个博士学位授权点和农林经济管理博士后流动站；拥有农林经济管理、应用经济学、工商管理3个一级学科硕士授予权。设有农业经济管理、林业经济管理、会计学、企业管理、产业经济学、金融学、国际贸易等7个学术硕士学位授权点以及工商管理硕士（MBA）、会计硕士（MPAcc）、农业硕士（农村与区域发展领域）等3个专业学位授权点。拥有硕士生导师52人，现有在校硕士研究生688人，其中全日制硕士研究生494人，在职攻读硕士研究生学员194人；拥有博士生导师26人，现有在校博士研究生92人。

学院拥有现代农业发展研究中心、黑龙江省哲学社会科学重点研究基地—农业与农村经济发展研究中心、黑龙江省高校人文社科重点研究基地—农业经济发展研究中心、黑龙江省级实验教学示范中心—经济管理类实验教学示范中心和黑龙江省对俄现代农业经贸人才培养基地。

东北农业大学举全校之力于2104年取得MPAcc学位授权点资格，2015年9月第一批MPAcc学员正式入学。东北农业大学MPAcc教育项目依托学校优质资源，立足龙江，放眼全国，努力培养满足社会要求的高层次会计专门人才。MPAcc教育项目现有会计、审计和财务管理专业教师21人，其中教授5人，副教授3人，讲师11人。博士生导师1人，硕士研究生导师7人。主要研究方向包括财务会计、管理会计、财务管理、审计等。